「公・民・学の連携」をテーマとするUDCKは、柏市、柏商工会議所、田中地域ふるさと協議会、柏の葉地域ふるさと協議会、三井不動産、首都圏新都市鉄道、東京大学、千葉大学の８つの「構成団体」により、共同で運営されています。UDCKの母体は、法人格を取得しない任意の団体であり、各構成団体から1名または2名が参加して「運営委員会」を設置し、基本的な事項の決議を行っています。
（※任意団体のUDCKとともに、その主体事業を行うための一般社団法人を別に設立しています。）

これらの構成団体のほか、千葉県、柏市まちづくり公社、産業技術総合研究所柏センター等、柏の葉のまちづくりに継続的・多面的に連携・協力する団体を「協力団体」として、また地域で活動されている様々な団体や施設を「連携団体」として位置づけています。必要に応じてこれらの協力団体や連携団体と柔軟に協力・連携し、それぞれの活動をつなぎ合わせながら、個々の事業やプログラムを実施しています。

UDCKの現場は、構成団体と協力団体から適宜参加する「運営機構」が担っており、毎月定例の「戦略会議」を開催し、まちづくりに係るプロジェクトの情報共有や企画・協議を行っています。また、これとは別に「連携団体」が中心となった「プロジェクト連携会議」も毎月開催し、まちで行われるイベントやプログラムを中心とした情報共有や企画連携を行っています。
運営機構のスタッフのうち、副センター長1名とディレクター5名は常勤で、UDCKの運営に係わる実務を中心的に担っています。

構成団体

東京大学
千葉大学
柏市
三井不動産
柏商工会議所
田中地域ふるさと協議会
柏の葉地域ふるさと協議会
首都圏新都市鉄道

協力団体

柏市まちづくり公社（柏市の外郭団体）
千葉県
産業技術総合研究所柏センター
TXアントレプレナーパートナーズ（新産業創造）